Le premier stupa fut édifié en Inde, au 2ème siècle avant notre ère, comme symbole de la religion bouddhiste, à une époque où les images religieuses étaient rejetées. Au Tibet, les premiers chortens étaient destinés à recevoir les reliques de Sakyamuni, le Bouddha historique. Par la suite, ils devinrent les réceptacles des restes des personnes considérées comme des saints. Certains chortens contiennent également des textes sacrés. 

Les dépouilles mortelles des dignitaires religieux (Dalaï lama, Panchen lama...) sont ensevelies dans des chortens en or de très grande dimension. 

Les différentes parties du chorten ont un sens symbolique qui correspond à leur forme. La base carrée signifie l'élément terre, ce sur quoi l'on s'appuie, c'est-à-dire la solidité. La partie en forme de globe, ou incurvée, représente la goutte d'eau et l'élément eau, c'est-à-dire la fluidité. La partie en forme de flèche, ou de flamme, symbolise l'élément feu, c'est-à-dire la chaleur. Le croissant, en forme de lune ou de ciel inversé, représente l'élément air, c'est-à-dire la transparence. Le petit cercle s'effilant en pointe dans l'espace symbolise l'élément éther, c'est-à-dire la subtilité.  

Esotériquement, le chorten représente la Voie de l'Illumination: de sa base, la terre, il s'élève par degrés à travers les Treize Cieux de la Connaissance (les marches de la flèche) pour atteindre l'informé, l'incréé, le Nirvana, au delà du Royaume de l'éther où la flamme de la lumière sacrée s'amenuise et se perd dans le vide. 

Si l'architecture du chorten répond à des principes immuables qui viennent d'être sommairement exposés, elle se décline au Tibet en huit versions fondamentales qui symbolisent les huit différents événements de la vie du Bouddha. Tous les chortens ne sont donc pas rigoureusement identiques.