La butte de Montpeyroux, le "mont pierreux", doit son nom aux affleurements d'arkose, un grès issu de l'altération du granite, dont l'exploitation fournit pendant des siècles une pierre de construction abondamment utilisée dans l'architecture limagnaise. Le village qui en occupe le sommet constitue un cas exemplaire de dédoublement sur un site de hauteur, au cours du Moyen Âge, pour des raisons défensives, d'un habitat de plaine d'origine antique. C'est en effet d'abord à Coudes, sur les rives de l'Allier, que la population s'établit. Dès l'époque mérovingienne, à l'orée du Moyen Âge, une agglomération dotée d'une église y existait déjà alors que le site de Montpeyroux était encore inhabité.  

Celui-ci commence à apparaître dans les texte du 11ème siècle. La première mention d'un château remonte à 1212, lorsque, après l'implantation du pouvoir royal en Auvergne, Philippe Auguste céda le fief à Bertrand de la Tour d'Auvergne. Le château de Montpeyroux occupait une position stratégique, à l'entrée de la Limage, sur une importante voie nord-sud, le Chemin français. Son imposant donjon du 13ème siècle illustre la diffusion du système dit philippin, un nouveau type d'architecture militaire fondé sur une tour maîtresse ronde inspirée du donjon du Louvre qui fut construit sous Philippe Auguste. Le village se développa dans la basse-cour de la forteresse et fut muni d'une enceinte.  

Montpeyroux conserva longtemps des liens étroit avec Coudes, auquel il était rattaché au plan administratif jusqu'à son accession à l'autonomie municipale, à la fin du 19ème siècle. A cette époque, juste avant l'apparition du phylloxera, 80% des surfaces cultivables étaient consacrées à la vigne. Par la suite, le vignoble disparut, mais il est en train de renaître à l'initiative d'un jeune agriculteur (en 2009). 
  
Dans les années 1950, le Montpeyroux était plus qu'à demi ruiné. C'est alors que des travaux de restauration furent entrepris, travaux qui en firent l'un des plus beaux villages de France. Il attira alors artistes et artisans ainsi que les citadins attirés par son charme et par le calme de la campagne. Une seconde vie lui fut ainsi donnée.